清朝與準噶爾打了70年，雖然損失慘重，卻也得到了超乎想像的國土

乾隆帝這才意識到自己失算了，他認為新疆關乎清朝西北邊疆安全，而準噶爾人反覆無常、勾結外敵、內部混亂，無法成為清朝統治新疆的工具，只能將其徹底滅掉，然而再新疆駐軍、設置行政機構，以加強對新疆的控制。

於是，乾隆帝再次對準噶爾發起戰爭，一舉平定叛亂，清軍一度攻入哈薩克抓捕阿睦爾撒納，迫使哈薩克向清朝臣服，阿睦爾撒納則逃入沙俄後病亡。

阿睦爾撒納死後，乾隆帝對準噶爾實施滅族政策，準噶爾部自此消失，只以準噶爾盆地的名字繼續讓我們熟知。

1759年，原葉爾羌汗國的大小和卓發動叛亂，幾乎占領整個南疆，乾隆帝再次出兵征討，一舉收復南疆。

此後，乾隆帝加大對新疆的治理力度，設置伊犁將軍並派遣駐軍，從而牢牢掌控了新疆，儘管後來新疆發生了多次動亂，比如張格爾之亂、阿古柏之亂等等，但由於清朝足夠重視，所以動亂都被平息，只是在晚清被沙俄割走了一些領土，絕大部分地區都保留到了現在。

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